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Text Editors gedit デフォルトではなくなったものの，実は軽さと機能の両面で一番バランスがよいのでは？ 個人的には特に問題を感じてなかったんですけど，なんで別のアプリ（下記 GNOME Text Editor）を開発することになったんスカね…
デフォルトではなくなったものの追加インストールして継続使用できます．
GNOME Text Editor ubuntu 22.10 でデフォルトのテキストエディターに昇格したアプリ（正確にいうと GNOME のデフォルト テキストエディターになったため ubuntu でもデフォルトになったアプリ）．
Visual Studio Code Visual Studio Code は いろいろ万能なんだけど ちょっとしたテキストの閲覧・編集にはやりすぎな感じもする．
HTML Editors Visual Studio Code
Bluefish Bluefish: Linuxで使える多機能なHTMLエディタ
画像 Pinta シンプルで迷わず使えるペイントソフト． トリミングや縮小など ちょっとした画像の調整であれば一番使いやすい． GIMP や Krita が多機能すぎて使いづらい人にオススメ．
GIMP あまりにも有名な画像編集ソフト（…なんだけど多機能ゆえに難しすぎるため「Windowsのペイントみたいなのがほしいんだよ」という向きには若干不人気だったりもする）． UIがごちゃごちゃしていてイマイチなので，いろいろ刷新するため GIMP 3.0 が準備中（2024年5月？リリース予定）．
Krita とんでもなく高機能なペイントソフト．なんだか画面も すごくカッコいい．2015年ごろから一気に人気がでてきて，ガイドブックなんかもではじめました→『Kritaでデジタルペイントマスター』
PhotoCollage 複数の写真をまとめて1枚の画像にするコラージュアプリ．無加工でタイル状に整列させる並べ方であれば GIMP など他の画像エディターでもよいのですけど，PhotoCollageは まとめたい写真を適当な枚数放り込むといい感じに大きさ・アスペクト等を調整してどの部分を見せるかを考えながらいい感じに配置してくれる点が圧倒的に優秀．
…なんですけど，画像サイズの変更アルゴリズムが弱いらしくコラージュしたときに縮小・拡大・トリミングが行われると画像が粗くなります．
ImageMagick コマンドラインで操作できる画像編集ツール．
@IT: X Window System のスクリーン ショットをとるには
MComix コミック ビューア（*.zip ファイル内に収録された画像ファイルを表示するビューア）．通常の画像ビューアとの違いは連続する2枚の画像を組にして見開きで表示でき，かつ，日本のコミックの見開き方向（1枚めが右，2枚めが左）で表示する機能がついていること．
Comix は 2009年以降アップデートされていないため ubuntu 18.04 から（正確にはベースになる Debian から）削除された（参考）． 2019年3月19日に再度テスト対象に入ったみたいなので（参考）近いうちに復活するかも．
MComix は Comix からフォークしたプロジェクトで Comix と ほぼ同じ機能をもっている…けど意外とオリジナルの Comix の方が人気のような気もする．
darktable 写真管理（アルバムソフト） / RAW現像アプリ． アルバム機能だけでよければGONE標準のShotwellの方が手っ取り早いですが， darktable は Windows, Mac とも互換性があり，機能も豊富なのでこちらを使っておくのがよさそうです．写真につけたメモなどのデータも失わずに他プラットフォームに移行できますので．
といいつつ，ぼくはJPEGで撮って Google Photos に放り込んでいるので使ってません．
グラフ作成 gnuplot
作図 Graphviz
aafigure ASCII Artを読み込んで作図することを基本アイデアとして作られたソフト．reST文書中のASCII文字で表現された図を読み込んで画像を出力することに注力している．
blockdiag ブロック図生成ツール
Dia Gnome標準のダイアグラム作図ソフト．[Wikipedia: Dia]
Inkscape いわゆるドローソフト（ベクター形式の描画アプリ）． 上に挙げたのは特定の図やダイアグラムを自動で描かせたり非常に簡単な操作で描くことができるものだけど，それゆえに何でもコイではない．本格的に手動で描くなら Inkscape が最適．
OS Utilities Meld Diff Viewer diff (GUI)
gparted パーティション エディタ
ncompress compressの改良版（高速化版）．最近のLinuxディストリビューションからはcompressは削除されていて，ncompressも標準ではインストールされなくなっている．
gzip Lempel-Zivアルゴリズムとハフマン符号を併用することでcompressより圧縮率を高くしている．
bzip2 gzipよりさらに圧縮率が高い．サフィックスは“*.bz2”が普通．
CD/DVD
ライター 		Brasero
IM IBus
fcitx 16.04以降は iBus より fcitx がオススメ（下記参照）．ところでコレ何て読むんだ毎度「fix it」に空目するんだが（・＿・　）
Ubuntu 16.04 LTS の日本語入力
Ubuntu 13.10でインプットメソッドFcitxを活用する
文書作成 StarDict 辞書
Windows
相互運用 		dos2unix
unix2dos
(tofrodos) 		行末コードをWindows形式（CR+LF）⇔UNIX形式（LF）に変換するツール．
ファイルの文字コードも変換するのであれば，nkf -Lu/-Lw（uはunix形式，wはwindowsの意味）の方が便利かも．nkf -Lu --overwriteとすれば，タイムスタンプを維持したまま，文字コードと改行コードの両方を一度で変換できる（元ファイルの文字コードは自動で推測，変換先はLinuxのデフォルトではUTF-8になる）．
nkf 文字コード変換ツール．
Windowsからもってきたテキストファイルの変換は，nkf -Lu --overwrite（-Luで行末コードの変換，--overwriteでタイムスタンプを維持したまま上書き変換）で変換すると便利．また，nkf -g（guessの意味）とすると，指定したファイルの文字コードを推測して教えてくれる．必ず正解するとは限らないが ほとんどの場合，間違えることはない．
※nkfは日本では古くから使われていたツールだが，現在のLinuxではマルチリンガル対応で変換が確実なiconvを使うことが推奨されている．しかし，日本語に限っていえばnkfに現実的な問題があるとは思えず，むしろ自動で文字コードを推測する機能など優秀な機能が多く，通常の利用ではnkfを使うことをオススメする．
ConvertTextfileCharacterEncoding
Remmina Windows Remote Desktop (RDP) クライアント ※ubuntu 19.04 標準
rdesktop Windows Remote Desktop (RDP) クライアント
XRDP Windows Remote Desktop (RDP) サーバー
仮想化 Xen
QEMU
KVM
VirtualBox
BitVisor セキュアVMプロジェクトが作成した仮想化ソフト
vagrant 仮想環境構築ツール．
音楽プレーヤー
Media Player 		Nightingale SongBird の派生．SongBird が Linux のサポートを打ち切ったためフォークしたプロジェクト[Wikipedia: SongBird]． Firefox の HTML レンダリング エンジン Gecko を使っていて きれいな画面が特徴．
MPlayer
VLC Media Player CODEC内蔵．FLVファイルの再生も可能．
音楽ファイル関連 Asunder リッピング ソフト．[Wikipedia: Asunder]
Sound Juicer ubuntu標準 MP3 Ripper．[Wikipedia: Sound Juicer]
EasyTAG MP3 タグ編集．楽曲ファイルへのアルバム アート（ジャケット写真）の埋め込み．[Wikipedia: EasyTAG]
Audacity 音声ファイルの編集アプリ．不要な部分をカットしたりコンプレッサーをかけて音圧を上げるなどの編集ができる． DTMソフトを使うほどでもないICレコーダーで撮った音声ファイルの編集に便利．
音楽ファイル変換 Sound Converter
flac
ffmpeg コマンドラインからバッチエンコードできて いろいろ便利．
DTM Hydrogen ドラム シーケンサー ソフト．
LMMS Linux MultiMedia Studio．LinuxのMIDIシーケンサー（MusEなど）はJACKサウンドサーバーが必要で，けっこう めんどくさかったりするのだけど LMMS はインストールするだけで，いきなり音がだせる状態になってお手軽で便利．
Denomo GUIで楽譜を作成できる．テキスト形式のデータから楽譜を生成する“GNU LilyPond”のGUIフロントエンドになっている．操作がGUIでできるので，LilyPondの書式を知らなくてもよい．作成した楽譜は，GNU LilyPond形式，PDF，MIDI，ABC記譜，PNG画像などの形式で出力できる．
Rosegarden [Ubuntu Weekly Recipe 第176回 Rosegardenで作曲する][Wikipedia: Rosegarden]
PDF PDFCrack PDFファイルのパスワードを解析
ePDFView 軽量PDFビューア．軽量PDFビューアのEvinceからPDF表示機能だけを切りだして作られているため，Evinceよりさらに小さく，100KB以下になっている．Puppy Linuxで採用されている．
pdftk PDFファイルの分割・結合ができるツールキット［@IT: Linux で PDF ファイルを分割/結合するには］．
Devices Cheese Webcam Application ラップトップPC内蔵カメラ（Webcam）のコントロール．ubuntu 標準．
padevchooser Palse Audio Device Chooser．PalseAudioの設定ツール．デフォルトではインストールされないため，別途インストールが必要（デフォルトではGUIで操作する想定だと思われる）．
Backup duplicity ネットワーク経由でのバックアップを指向しており，バックアップ先として標準で Amazon S3 が想定されている．ネットワーク経由のバックアップを想定しているため，帯域幅に対して高効率になるよう rsync を利用したり，GnuPG による暗号化機能があったり，かなり現代的な仕様になっている．
Déjà Dup Backups ubuntu の標準バックアップ ツール．duplicity の GUI フロントエンドになっている．
基本的には，多機能すぎるduplicityを簡単に使えるようGUI化して機能を絞り込むものだが，スケジュール バックアップの機能が追加されていたり，deja-dup-monitor により，ユーザーがログインしたり，USBメモリやHDDが接続されたりしたのを検知して自動でバックアップをはじめたりできるようになっている．
Security KeePassXC パスワード管理ソフト．
Windows/Macでもよく使われているソフトのため，スマートフォンなどのパスワード管理アプリも KeePassXC データベース形式のファイルを取り込めるものが多い．
Network lftp テキストベースのFTPクライアント．なんだかんだいって結局コレが一番便利では？
GUIが必要なら FileZilla や gFTP になるんだろうけど，今どきサーバー上のファイルを目視しながら手動操作するなんてことはないはず． サーバーにファイルを送り込む（同期する）用途では自動化に適する lftp が便利．